一九九八年一月十六日，上海市农业局对学校领导班子进行调整，季大方任党委书记，朱敏、李海涛任副书记，朱敏任校长，李海涛、毕施华任副校长。
一九九八年八月，在上海市教委、市农业局的支持下，学校制订了《建设上海市现代化标志性职业技术学校总体规划》。先后实施了校园改建工程、课程改革工程、师资建设工程、实训基地工程和教育精品工程等项目。从而全面提高了学校的教学条件和师资水平。2000年上海市教委正式授牌学校为“上海市现代化标志性中等职业技术学校”，同年学校获得“上海市职业技术教育先进集体”、“上海市文明单位”称号。
一九九九年初由中国农学会牵线，学校与韩国济州岛农业学校结为友好学校。
一九九九年五月，学校与上海交通大学农学院合作成立农业职业技术学院分院，开始招收高职学生。到二○○三年七月分院停办，期间共培养高职学生193名。
二○○一年，学校为了进一步加快学校建设与发展，审时度势，提出申办高职学院的办学意见和思路，二○○一年四月，在上海市农委、市教委、市农业局的支持下，正式提出申办上海农林职业技术学院。
二○○二年四月，经上海市人民政府批准（教育部备案），上海农林职业技术学院正式建院，市委常委、副市长冯国勤为上海农林职业技术学院建院揭牌。
二○○二年五月十四日，市农林局聘吴锦康同志任上海农林职业技术学院院长，朱敏、李海涛、卓丽环任副院长，市农委委任朱仰东同志为学院党委书记，朱敏、吴锦康、李海涛任副书记。二○○五年六月学院领导班子作了调整，朱仰东任党委书记，朱敏、李海涛任副书记，卓丽环任副书记、院长，朱敏、李海涛、俞锦禄任副院长。
二○○五年十二月八日，学院召开第一届教职工代表大会。这次大会回顾了前几年的工作，总结经验、分析形势，研究讨论学院今后的改革、建设与发展。特别是这次大会还审议通过了学院的“十一五”发展规划，这对明确今后的工作目标任务，做好各项工作，促进学院向着科学、健康、协调的目标发展具有十分重要的意义。
二○○七年七月，学院领导班子调整为：卓丽环任党委书记、院长，朱敏、李海涛任副书记、副院长，俞锦禄任副院长。二○○八年七月，增补仲肇森、谢锦平为副院长。二○○九年六月，学院领导班子再作调整，吴乃山任党委书记，卓丽环、俞锦禄任副书记，卓丽环任院长，俞锦禄、仲肇森、谢锦平任副院长。
二○一○年九月十七日，经市教委批准，以我院为牵头单位的有43家企业和相关院校参加的“上海现代农业职教集团”正式成立。学院依托“集团”以农林类专业建设和人才培养为纽带，以体制机制创新为突破口，积极探索优势互补、需求对应、互利共赢的校企合作途径。学院与技术先进、管理规范、经济效益好、社会责任强的国家级、市级农业龙头企业紧密合作，做到“教师教在实践一线、学生学在工作岗位”，构建目标共定、人才共育、过程共管、质量共评、成果共享、责任共担的校企合作人才培养有效机制，从而不断提高学校人才培养质量。
