“文化大革命”，教育战线首当其冲，农业教育也是重灾区之一。一九六六年秋，红卫兵运动掀起，七宝、松江两农校被迫“停课闹革命”。当权派靠边，无政府主义泛滥，两校图书、档案、仪器设备被抢、被烧、被毁，门窗、课桌被砸，两校财产遭受严重损失。
一九六八年十月，两校在送走了最后一届毕业生后被迫宣布撤销。
一九六九年七宝农校改为上海市农业五·七干校，松江农校教职工并到七宝参加干校学习劳动，其中还有部分教工被迫转入其他部门，至此再次中断了上海中等农业教育的历史。
一九七三年至一九七七年，由上海农科院在七宝农校校址创办上海市农业科技干校，徐尚炯任校党总支书记，王林任副书记。学校主要是招收农村社队在职的人员，学习期由几个月至一年不等，期间共培训社队干部一千二百五十一人。
一九七六年，粉碎了“四人帮”，大地回春，万物复苏。一九七八年五月，经上海市人民政府批准恢复上海市农业学校。徐尚炯任党总支书记、陈俊仁任副书记兼副校长、曹卫、张耀宏任副校长。
一九七八年十月，市有关部门决定在七宝筹建上海农学院，上海市农业学校由七宝迁到松江。为使学校能顺利完成搬迁，尽快开学上课，经上海市农业局和松江县政府协议，将“松江五·七农大”搬迁至原上海市松江农校校址，两校由市农业局和松江县共管，并由松江五.七农大原负责人孙绳祖、王增来、张秀龙全面负责两校工作。
一九八0年五月松江县五·七农大二年制农学、牧医、农机专业学生110余人全部结业离校。
一九八0年九月，上海市农业局党委决定委派上海农学院教务处长、原上海农校党总支副书记副校长陈俊仁主持上海市农业学校党政工作。至此，上海市农业学校与松江县脱钩，学校由上海市农业局主管。
复校后，为了保证学校教学和师生生活的需要，先后新建了教学大楼、图书馆、气象观测站、金工实习车间、温室、牧场、学生宿舍、家属宿舍、教工食堂、配电间等，共计建筑面积8600余平方米。
